Siekiant kokybiškų produktų gamybos, buvo sukurtas modernus techninis pagrindas ir suburta specialistų komanda. Po to pradėta galvoti apie kokybės valdymo sistemos sukūrimą ir įdiegimą. 1998 metais, pasitelkus konsultacinę firmą TUV-OLEKTIS, įmonėje pagal tarptautinio ISO 9002 standarto reikalavimus įdiegta kokybės valdymo sistema. 2002 m. kokybės vadybos sistema buvo atnaujinta įdiegiant platesnį paslaugų spektrą apimančią ISO 9001:2000 standarto sistemą. Ji garantuoja, kad įmonė aukštų kokybės kontrolės standartų laikosi visoje grandinėje - nuo žaliavų pirkimo iki pardavimo ir konsultacijų galutiniam vartotojui.

AB „Kretingos grūdai“ 2002 m. pirmoji tarp šalies grūdų perdirbėjų sėkmingai įdiegė aplinkos apsaugos vadybos sistemą ISO 14001.

2004 m. Lietuvos pramonininkų konfederacija kartu su LR Ūkio ministerija ir Lietuvos ekonominės plėtros agentūra pripažino AB „Kretingos grūdai“ nominacijos „Lietuvos geriausias metų eksportuotojas“ nugalėtoju.

2004 – 2006 m. įmonė tapo Lietuvos pramoninkų konfederacijos paskelbto konkurso „Sėkmingai dirbanti įmonė“ nugalėtoja.

2005 m. įmonė tapo „Sampo“ banko Metų klientu.

2005 m. Lietuvos verslo darbdavių konfederacija pripažino AB „Kretingos grūdai“ konkurso „Geriausias smulkaus ir vidutinio verslo atstovas 2005“ nugalėtoju.

2005 m. LR Žemės ūkio ministerija įteikė padėką AB „Kretingos grūdai“ - konkurso „Geriausias smulkaus ir vidutinio verslo atstovas 2005“ laureatei - daugiausiai eksportuojančiai įmonei vidutinių įmonių grupėje.

2005 m. Kretingos rajono savivaldybė ir VšĮ Kretingos verslo informacijos centras įteikė diplomą AB „Kretingos grūdai“ už nominaciją „Kretingos rajono metų įmonė 2005“ konkurse „Geriausias Kretingos rajono smulkaus ir vidutinio verslo atstovas“.

2006 m. pradėtas gaminti naujos sudėties baltyminis vitamininis papildas vištoms dedeklėms ir broileriams. Sumontuota nauja olandų firmos CPM granuliavimo linija, skirta starterinių pašarų paršeliams ir paukščiams granuliuoti. Šioje technologinėje linijoje pagaminti lesalai ypač aukštos kokybės ir mažo skersmens (1,8 mm) granulėmis mėsinių veislių viščiukams broileriams ypač populiarūs užsienyje. Ypač aukštos kokybės ir mažo skersmens (1,8 mm) granulėmis lesalai mėsinių veislių viščiukams broileriams pelnė medalį parodoje „Lietuvos agropanorama 2006“.

Lietuvos pramonininkų konfederacijos konkurse „Lietuvos metų gaminys 2006“ visaverčiai pašarai KRET-KOM P1 įvertinti sidabro medaliu.